Οι όγκοι GIST δεν προκαλούν συνήθως εμφανή συμπτώματα έως ότου φτάσουν σε ένα συγκεκριμένο μέγεθος εξαίρεση αποτελούν οι όγκοι που εντοπίζονται σε ορισμένες περιοχές του πεπτικού συστήματος, Ως αποτέλεσμα, οι όγκοι GIST συχνά δεν διαγιγνώσκεται σε πρώιμο στάδιο αλλά σε μεταγενέστερα στάδια της νόσου, οπότε το 15-25% των ατόμων που διαγιγνώσκονται έχουν μεταστατική νόσο¹⁰ .

Οι όγκοι GIST συχνά διαγιγνώσκονται όταν ανιχνεύεται αίμα στα κόπρανα ή σε εκκρίσεις του στομάχου. Εάν ο όγκος μεγαλώσει αρκετά, μπορεί να εμποδίσει τη διέλευση των τροφών στο στομάχι ή στο έντερο, με αποτέλεσμα σοβαρό κοιλιακό άλγος και εμετική προδιάθεση.

Εάν η απώλεια αίματος συνεχίζει για μεγάλο χρονικό διάστημα, πιθανόν να οδηγήσει σε αναιμία ή χαμηλό αριθμό ερυθρών αιμοσφαιρίων, με αποτέλεσμα οι ασθενείς να αισθάνονται κουρασμένοι και αδύναμοι.